Au Pérou en 1561, l'Empire inca est presque totalement sous domination espagnole. Le jeune Inca Titu Cusi, caché au coeur de la forêt amazonienne, demeure le seul à résister à l'invasion, espérant avec ses hommes faire renaître son Empire. Dans le village d'Ahuaytambo, les Incas continuent de respecter leurs coutumes ancestrales tout en simulant leur conversion au christianisme.